Les démêlés judiciaires n’auront pas tardé à pleuvoir. Dès le lendemain du coup d’État qui a renversé Ibrahim Boubacar Keïta (IBK), dont il était le dernier Premier ministre, Boubou Cissé s’est réfugié « en lieu sûr », alors qu’il était poursuivi pour « complot contre le gouvernement ».
Si la procédure a finalement été annulée par la Cour d’appel de Bamako, les affaires se sont enchaînées, et l’ancien chef du gouvernement déchu n’est pas réapparu dans son pays. En exil au Niger, où vit sa famille, Boubou Cissé dénonce « une épée de Damoclès judiciaire que les autorités de la transition ont placé au-dessus de la tête des hommes politiques ».
